요한 복음서는 다른 세 복음서와 분리되어 취급될 정도로 그 자체에 특이함을 지니고 있다.

요한은 복음서를 쓰면서 두 가지 목적을 지닌 듯 여겨진다. 즉 다른 세 복음서가 빠트린 주님의 생애와 가르침을 기록하는 것, 그리고 구체적으로 볼 수 없는 체현(embodiment)을 영원한 말씀(Eternal Word)이라는 실제적인 인간의 모습을 갖추는 것(incarnation)으로 대체하는 것, 그리하여 교회가 그노스시즘(gnosticism)에 감염되는 것을 차단하는 것이다. (참고 1요한 4,2-3; 2요한 1,7)

주님의 역사를 포함하는 각 네 복음서의 존재는 인간에 속한 게 아니라 하느님께 속한다고 가정해본다면 우리는 네 복음서가 신성한 지혜의 목적적 가치에 근원을 두고 있다고 결론을 내려야 할 것이다. 물론 네 복음서가 신성하게 저술되었다고 말하면서 동시에 이 복음서에서 발견되지 않는 사건이 저 복음서에서 발견되는 것은 사실이다. 게다가 요한의 복음서는 이런 문제가 적지 않게 눈에 띄는 책이다. 요한복음에는 공관복음에 없는 내용이 첨가된 것도 많다(90%).

1) 서문(1,1-18)

2) 나타나엘의 고백(1,43-51)

3) 카나의 혼인 잔치(2,1-12)

4) 니코데모와 대화(3장)-위로부터 태어남

5) 사마리아 여인과 이야기(4장)

생명의 물(4,6-29)

6) 예루살렘에서 벳자타 못 가에서 병자와 소경을 고치시다(5,1-18; 9,1-12)

7) 아드님의 권한(5,19-47)

8) 생명의 빵(6,22-71)

9) 세상의 빛(8,12-59)

10) 착한 목자(10,1-30)

11) 라자로를 다시 살리시다(11장)- 부활에 관한 마르타와의 대화

12) 다락방 설교(13,1-16,33) - 이별의 슬픔과 재회의 기쁨

13) 주님의 고별 기도(17,1-26) - 아버지와 하나됨

14) 주님의 고난을 설명하는 부분.

요한의 복음서가 특성면에서도 독특한 몇 가지 사항들이 있다. 타 복음서 기자들이 공적 측면에 더 치중하고 있는데 비해 요한은 사적 측면에 더 치중하여 주님의 생애와 가르침을 기록하고 있다. 요한의 복음서의 거의 절반은 제자들에게 한 대화인데 거기에도 가장 심오한 본성과 가장 깊은 취지가 담겨있다. 요한의 복음서는 타 복음서보다 품성 측면에서 더 영적이다는 것, 우리의 시선이 주님 한 분에게 집중하도록 한다는 것, 그분의 역사 측면보다 교리 측면을 더 제시하고 있다는 등등은 대다수 주석자들이 인정하고 있다.

요한의 복음서는 예수의 역사를, 타 복음서는 그리스도의 역사를 더 조명하고 있다. 요한은 주님을 개인 측면에서, 타 복음서는 주님을 메시아적 측면에 더 할애하고 있다. 요한은 구세주 예수의 특성을, 타 복음서 기자들은 왕되신 그리스도의 특성을 더 표현하고 있다. 요한은 신성한 사랑의 특성을, 타 기자들은 신성한 진리의 특성을 더 표현하고 있다. 요한의 복음은 주님의 생애와 가르침을 지적 국면보다는 행동적 국면을 더 표출하고, 그분의 제자들에게도 믿음보다 사랑의 목적(object)이 되게 하는데 더 치중하고 있다. 마태오와 마르코 복음서는 외적 측면에, 루카와 요한의 복음서는 내적 측면에 더 관계된다는 것이다. 요한의 복음서가 네 복음서의 마지막에 놓여 있듯 거듭나는 인간의 마지막이요 가장 완전한 상태들을 묘사하고 있다.